ヤンデレくんとは、その名の通りヤンデレちゃんの男バージョンである。
ヤンデレくんはファンからの「プレイヤーの性別を選べるようにしてほしい」という声から生まれたキャラクターである。 前髪が長めの短髪で、他の男子生徒の立ち絵と違って半袖のシャツにスラックスの服装がデフォルト。 正式な出番は殆どないにも関わらず人気が高く、抱き枕カバーがヤンデレちゃんと同時発売されている。 名前は『Yanosuke』『Yanagi』など様々な説があったが、『saiko no sutoka』とのコラボで『Ayato』が使われ、確定したと思われる。
一度ゲームクリアすると解放されるイースターエッグにて、『Yandere-kun Mode』が使える。 これといった能力はなく、声や動作は女性のまま。更衣室も変わらず女性用にしか入れない。 他のイースターエッグとの兼用もできるが、ヤンデレくんモードにしたときに見えなくなったヤンデレちゃんの体があるはずの場所にイースターエッグのコスチュームを重ねた姿となる。 また、エンディング後に見られる今後の開発の予告では、ヤンデレちゃんの母Ryoba Aishiと一緒に立っている。
